O município, como o próprio nome diz, é banhado pelo Rio da Prata, que pertence à bacia do Paranaíba. São Domingos do Prata tem opções para a prática do turismo ecológico. São atrativos naturais da região: a Cachoeira do Alfié, com uma queda de mais de 10 metros de altura, ideal para banhos; a Pedra da Baleia, utilizada para prática de esportes radicais como rapel e escalada e a Pedra do Quessé que é conhecida como a Pedra do Vôo Livre, localizada a 12 km de São Domingos do Prata. Possui uma rampa para prática de vôo livre, utilizada em campeonatos mineiros de vôo livre.

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